Сезон 2

Пилот Нагатэ Таникадзэ прославился своими действиями в недавней битве, но Нагатэ больше волнует исчезновение оболочки Хосидзиро.

Нагатэ и его команда ведут тяжелую борьбу с Гауна 549, в которой им помогает появление нового вида Гауна, называющего себя Цумуги Сирауи.

Расправившись с оппозицией, Кобаяси берет курс на девятую планету в соседней системе Лем. Теперь тотальная война кажется неизбежной.

Появляется новая угроза в виде Гауна 550, которая выбросила бесчисленное множество ядер меньших Гауна на траекторию перехвата Сидонии.

Несмотря на то, что Цумуги сыграла важную роль в победе, она серьезно пострадала, защищая Сидонию. Идзана, также получившая тяжелое ранение, принимает смелое решение.

Выселенный из общежития, Нагатэ просит Идзану приютить его на одну ночь; у Цумуги происходит эмоциональный кризис, вызванный опасной ситуацией.

Тест нового оружия на Сидонии проходит успешно, но экипаж обнаруживает, что не может его отключить; Юхата отправляет пилотов гардов расследовать возникшее нарушение.

Пилоты и Цумуги устраняют повреждения Сидонии после инцидента с гравитационной пушкой; Цумуги расстроена из-за того, что стала причиной небольшого происшествия.

Идзана узнает, что ее «свидание» с Нагатэ было подстроено, и в гневе возвращается домой. Вскоре после этого ее вызывают в команду, которая отправится на разведку Девятой планеты.

Команда разведчиков подвергается атаке со стороны Гауна; Идзане и командиру отряда удаётся спастись, войдя в атмосферу Девятой планеты.

Идзану и командира разведывательного отряда преследует огромный гуманоид Гауна. Тем временем Цумуги сражается с Бэнисудзумэ.

Нагатэ спасает Цумуги, но его одолевает Бэнисудзумэ. Ситуация становится критической, когда рой Гауна обрушиваются на выживших.