Сезон 2

Капитана милиции сбивает грузовик, водитель утверждает - мужчина сам бросился под колеса. Экспертиза показывает, что в крови жертвы находились галлюциногены и вещества, повышающие физическую активность. Трофимов выясняет, что капитан пытался помочь однокласснице разобраться в странном самоубийстве её брата.

В город прибудет президент республики Зулунди, его визит должен остаться засекреченным. Группировка террористов настроена перехватить президента. Для этого они шантажируют Романа, чтобы выведать информацию. Сотрудникам разведки грозит опасность - террористы берут их в плен. Удастся ли Степану Ивановичу спасти своих подчиненных?

Возле элитного ночного клуба находят труп молодой девушки, участницы конкурса красоты. Предполагается, что убийца - среди конкурсанток, и девушки вышедшие в финал находятся в опасности. Лидия решает, что ей надо вести расследование под прикрытием в качестве претендентки на победу в конкурсе.

Убивают заведующего сектором аудита в космическом агентстве. Департаменту криминальной разведки поручают дело, так как способ убийства очень странный. Взрывчатка, которую подложили жертве, сработала локально, не задев ни тела, ни одежды. Чтобы раскрыть дело, Трофимова под прикрытием отправляют в космическое агентство.

В руках преступников оказывается секретная программа, которую разработал лейтенант Мелешко. Для этого им приходится убить подполковника криминальной разведки. На удостоверении убитого пишут имя Трофимова, оставляя вызов капитану. Так как злоумышленники ожидают, что дело возьмет Артём, Дед решает поручить расследование другому агенту.

Во время эксперимента в акустической лаборатории засекреченного НИИ погибает сотрудник. Он участвовал в исследованиях того, как с помощью звуков разной частоты и интенсивности управлять поступками людей. Расследование поручают аналитику Славе, которому удается быстро разобраться в ситуации, но очень скоро в той же лаборатории трагедия повторяется.

Пропадает следователь убойного отдела, ДКР просят поучаствовать в расследовании. Пропавшая девушка - бывшая одногруппница и любовь аналитика Славы. Старший лейтенант сам вызывается взяться за дело, без помощи Трофимова. Мелешко выясняет, что следователь перед исчезновением расследовала дело об убийстве девушки, полиция была уверена, что её избил муж, но прямых доказательств найдено не было.

Министерство поручает ДКР отследить активность преступных группировок, которые занимаются продажей наркотиков. Дед отдает дело в руки Мелешко, так как Трофимова и Неделина приходится на время отстранить от работы. Правда, это не мешает Роману стать подозреваемым в убийстве гражданина Франции. Теперь коллегам надо найти Неделина и помочь ему выпутаться из неприятностей.

В ДКР передают дело с загадочным орудием убийства. Пуля не обнаружена, военные консультанты предполагают, что убийца использовал новейшую иностранную разработку. Единственный свидетель преступления - проститутка, слова которой о "железной мухе" никто принимать всерьез не стал.

При подозрительных обстоятельствах взрывается дом наркобарона. Эксперты приходят к выводу, что причиной взрыва стало неаккуратное обращение с газом. Чтобы разобраться в истинных причинах смерти, Трофимова внедряют в наркополицию, которая упорно тормозит расследование.

В городе орудует киллер, который убивает обеспеченных людей после того, как они получают своеобразное послание, черную метку. Поиски убийцы поручают ДКР, но Трофимову придется выполнить крайне трудное задание. Стать жертвой, на которую начнет охотиться киллер, и взять убийцу "на горячем".

Десятки обгоревших трупов - именно так закончился пожар в подпольном казино. Это уже третье казино, что сгорело за последние два месяца. Владельцы у казино разные, но почерк поджога - один. Кто объявил войну игорному бизнесу, предстоит узнать нашему герою Артему Трофимову и его команде.

Пропал сотрудник Национального банка Фридман, имевший доступ к секретной операции по перевозке так называемых «кровавых алмазов». Трофимов отправляется в дом Фридмана, но там его ждет неожиданная гостья. Загадочная женщина - агент Моссада, политической разведки Израиля. Как же связана контрабанда алмазов и силовые структуры?

В заповеднике Качаково массово умирает рыба, а инспекторы Министерства экологии, которые едут туда, исчезают бесследно. Трофимов отправляется в Качаково под видом еще одного инспектора. Сельский голова каким-то образом связан с лакокрасочным заводом, который загрязняет заповедник. Но все оказывается не так просто, и в исчезновении людей виноваты те, кто стоят гораздо выше.