Сезон 1

Криминальный авторитет Гера по кличке Моцарт ночью врывается к Шилову. Гера рассказывает, что его охранники поймали двух наемников, готовивших на него покушение. Бандит решает передать задержанных Шилову и с его помощью выйти на заказчика. Шилов включается в игру, обретая реальный шанс раскрыть мощнейшую бандитскую организацию, совершившую в последнее время серию заказных убийств в Петербурге.

Удается установить адрес базы Чибиса. По горячим следам группа Шилова производит задержание еще двоих преступников, один из которых представился сотрудником милиции. Но место пребывания самого Чибиса остается загадкой. С помощью старого приятеля из УБОП Шилов приступает к поискам явочной квартиры.

Задержанный Чибис категорически отказывается сотрудничать со следствием: он уверен, что Шилова «купил» Моцарт, чтобы свести с ним счеты чужими руками. Служебному расследованию в отношении Романа Шилова дан ход, УСБ подозревает его в коррупции и мафиозном сговоре. Роман понимает, что за ним ведется скрытое наблюдение и что в его ближайшем окружении есть предатель.

После убийства Моцарта ситуация еще больше осложняется. Арнаутов добивается санкции на обыск квартиры Романа. В отсутствие Шилова сотрудники УБОП обнаруживают у него дома сумку с оружием и формой сотрудников ДПС. Именно из такого оружия на Пулковском шоссе лжемилиционеры расстреляли Моцарта и его охрану. Шилову ничего не остается, как перейти на нелегальное положение...

Соловьев подорвался в автомобиле Романа, жестоко убиты сотрудники УБОПа, младший Арнаутов с тяжелыми ранениями на операционном столе... Все убеждены, что это дело рук Шилова. Кажется, в это не верит только Скрябин, но и на него вскоре обрушивается большое горе.

Старший Арнаутов, долго и безуспешно выслеживавший Шилова, наконец выходит на его след. Весть об убийстве Чибисова в тюрьме застает Романа и Егорова врасплох, но Егоров с помощью хорошего знакомого в банковском бизнесе достает пленки Чибиса и раскрывает настоящего «оборотня».

Из воинской части сбежали три солдата-контрактника. На их поиски подняты огромные силы: личный состав, собаки, вертолет... У Романа Шилова новая команда, из «стареньких» остались только Скрябин и Джексон. Прошлое не дает покоя Скрябину, он не теряет надежды отыскать подрывника, заложившего взрывчатку в авто Шилова, от которой погиб его друг Соловьев. Скрябин летит в колонию допросить отбывающего там срок бывшего оперативника Петруху...

Скрябин встретился в колонии с Петрухой, и тот «сдал» ему подрывника по кличке Румын. Румын вскоре «засветился» - опять совершил подрыв, но его увидели и сумели составить фоторобот, который опознал милиционер, наблюдавший в свое время за автомобилем Шилова. Во время поисков сбежавших контрактников в глухом лесу нашли останки убитого «оборотня» Карташова. Его удалось опознать по именным часам...

Шилов наводит справки о генерале Бажанове, связанном с криминальными группировками, и подсылает к нему проститутку Вику, предварительно снабдив ее подслушивающим устройством. Тем временем Арнаутов со своей группой отправляется на операцию по захвату Шахида...

Шилов узнает, что из Средней Азии идет состав с тонной героина. Товар должны принять военные и перегрузить на корабль. К Кальяну приходит Джокер, его бывший однополчанин по войне в Афганистане. Кальян решает испытать его верность: он поручает ему ликвидацию киллера, застрелившего начальника порта.

После визита Румына Скрябину чудом удается уцелеть. Кальян с Бажановым находят в квартире подслушивающее устройство. Пленку с компроматом на Кальяна и генерала Бажанова передают в Москву, но столичные чины объявляют, что она размагничена...

Джокер встретил у Кальяна оперативника Гришу Лютого. Пока Джокер играл свою роль, Шилов со Скрябиным охотились на Румына. Живым его взять не удалось. Наркотики из Средней Азии прибыли, и в одном месте сошлись оперативники, бандиты Кальяна и военные. Завязалась ожесточенная перестрелка...